Тема веры и религии раскрыта здесь в обеих частях произведения — и в той, что посвящена началу XX века, и в «роман в романе», автором которого был Мастер. Причем в первом случае речь идет скорее о вере, чем о религии. Во втором же случае затрагиваются и проблема веры как душевной потребности человека и проблема религии как инструмента власти.
Среди персонажей романа — жителей Москвы — сильнейшее вопрос веры коснулось до Ивана Бездомного, Берлиоза и, конечно, Мастера. Все трое — литераторы, и то, что и как они пишут, и есть выражение трех взглядов на одну и ту же проблему. Так, Мастер, безусловно, верит в Бога, хотя вряд ли посещает церковь или регулярно молится. Именно поэтому в данном случае можно говорить о вере, но не о религии с ее ритуалами. Его вера гораздо глубже, чем простое посещение церкви, она включает в себя высокую нравственность и духовность. Кроме того, именно вера подсказала ему тему романа. Что же касается «романа в романе», который пишет Мастер, то здесь роль носителя веры выполняет Иешуа Га-Ноцри. Этот образ во многом близок своему создателю: он не является религиозным человеком, но верит в то, во что считает нужным верить. Второй подобный персонаж — Каифа. Именно он настоял на казни Иешуа. Действия Каифы заставляют читателя задуматься не только о вере, но и официальную религию. Точно так же, как и идеология в начале XX века, официальная религия Иудеи боролась с верой, которая могла бы сделать общество лучше.
Почему так произошло? Возможно, потому, что и то и другое является просто инструментом власти. А любая вера, которая противоречит требованиям официальной религии или идеологии, может пошатнуть эту власть.